Els fitxers PDF es basen en una estructura binària interna delicada formada per un catàleg d'objectes, diccionaris de fluxos i una taula de referències creuades (XREF) que assigna posicions exactes de bytes a cada objecte del document.
Les causes més habituals de corrupció inclouen descàrregues interrompudes, desconnexions sobtades durant la transferència de fitxers, adjunts de correu electrònic defectuosos, sincronitzacions al núvol incompletes o sectors defectuosos del disc. Quan el desplaçament de la taula XREF o el marcador %%EOF es trunquen, els lectors PDF mostren errors com 'El fitxer està danyat i no s'ha pogut reparar'.