PDF-Dokumente besitzen eine empfindliche interne Binärstruktur, bestehend aus einem Objektkatalog, Stream-Dictionaries und einer Querverweistabelle (XREF), die exakte Byte-Offsets bestimmten Dokumentobjekten zuordnet. Häufige Ursachen für Beschädigungen sind abgebrochene Downloads, Verbindungsabbrüche bei der Dateiübertragung, fehlerhafte E-Mail-Anhänge, unvollständige Cloud-Synchronisierungen oder defekte Sektoren auf Speichermedien.
Wenn der Offset der XREF-Tabelle verändert oder das Dateiende (Trailer) abgeschnitten wird, melden PDF-Reader Fehler wie „Die Datei ist beschädigt und konnte nicht repariert werden“ oder „Formatfehler: Keine PDF-Datei oder Datei beschädigt“.