Los archivos PDF dependen de una delicada estructura binaria interna compuesta por un catálogo de objetos, diccionarios de flujo y una tabla de referencias cruzadas (XREF) que asigna desplazamientos de bytes específicos a cada objeto del documento. Las causas comunes de corrupción incluyen descargas interrumpidas, desconexiones bruscas durante la transferencia de archivos, archivos adjuntos de correo defectuosos, sincronizaciones incompletas en la nube o sectores defectuosos del disco.
Cuando el desplazamiento de la tabla XREF se altera o el final del archivo (trailer) queda truncado, los visores de PDF estándar muestran errores como «El archivo está dañado y no se puede reparar» o «Error de formato: no es un archivo PDF o está dañado».