File PDF bergantung pada struktur biner internal yang presisi, terdiri dari katalog objek, kamus aliran (stream dictionaries), dan tabel referensi silang (XREF) yang memetakan offset bita ke objek dokumen tertentu.
Penyebab umum kerusakan meliputi unduhan yang terhenti di tengah jalan, koneksi terputus saat transfer file, lampiran email yang tidak lengkap, kegagalan sinkronisasi penyimpanan cloud, atau bad sector pada flashdisk/hard drive. Ketika offset tabel XREF berubah atau terpotong, pembaca PDF standar akan menampilkan pesan kesalahan seperti 'The file is damaged and could not be repaired' atau 'Format error: not a PDF or corrupted'.