I file PDF si basano su una delicata struttura binaria interna composta da un catalogo di oggetti, dizionari di flusso e una tabella di riferimenti incrociati (XREF) che associa gli offset di byte specifici agli oggetti del documento. Le cause più comuni di corruzione includono download interrotti, disconnessioni improvvise durante il trasferimento, allegati email difettosi, sincronizzazioni cloud incomplete o settori danneggiati del disco.
Quando l'offset della tabella XREF viene alterato o troncato, i lettori PDF standard restituiscono errori come «Il file è danneggiato e non può essere riparato» oppure «Errore di formato: non è un PDF o il file è corrotto».