Fail PDF bergantung pada struktur binari dalaman yang sensitif yang terdiri daripada katalog objek, kamus strim dan jadual rujukan silang (XREF) yang memetakan ofset bait kepada objek dokumen tertentu.
Punca biasa kerosakan termasuk muat turun yang terganggu, terputus sambungan secara tiba-tiba semasa pemindahan fail, lampiran e-mel yang rosak, penyegerakan awan yang tidak lengkap atau sektor buruk pada pemacu storan. Apabila ofset jadual XREF berubah atau terpotong, pembaca PDF standard melaporkan ralat seperti 'The file is damaged and could not be repaired' atau 'Format error: not a PDF or corrupted'.