PDF-bestanden steunen op een nauwkeurige interne binaire structuur bestaande uit een objectcatalogus, stream-woordenboeken en een kruisverwijzingstabel (XREF) die exacte byte-posities koppelt aan documentobjecten.
Veelvoorkomende oorzaken van corruptie zijn onderbroken downloads, plotseling verbroken verbindingen tijdens bestandsoverdracht, beschadigde e-mailbijlagen, onvolledige cloudsynchronisaties of slechte sectoren op opslagmedia. Wanneer de XREF-tabel of de %%EOF-trailer wordt afgekapt, melden standaard PDF-viewers fouten zoals 'Het bestand is beschadigd en kan niet worden gerepareerd'.