Документы PDF имеют строгую внутреннюю бинарную структуру, состоящую из каталога объектов, потоковых словарей и таблицы перекрестных ссылок (XREF), которая сопоставляет точные байтовые смещения с конкретными страницами и шрифтами.
Чаще всего повреждение возникает при прерванной загрузке из интернета, сбое пересылки вложений по электронной почте, незавершенной синхронизации облачного диска или сбойных секторах накопителя. Когда смещение таблицы XREF или завершающий трейлер %%EOF обрезаны, стандартные программы просмотра сообщают: «Файл поврежден и не может быть восстановлен».