Faili za PDF hutegemea muundo maalum wa ndani wa binary unaojumuisha katalogi ya vitu (object catalog), kamusi za mitiririko, na jedwali la marejeleo mtambuka (XREF) linaloelekeza mahali kila kipengele cha hati kilipo.
Sababu za kawaida za uharibifu ni pamoja na kukatika kwa intaneti wakati wa kupakua faili, kuzima kifaa ghafla wakati wa kuhamisha faili, viambatisho vya barua pepe vilivyoharibika, au matatizo kwenye diski ya kuhifadhia. Wakati jedwali la XREF linapoharibika au kukatika, programu za kusoma PDF huonyesha ujumbe kama 'The file is damaged and could not be repaired' au 'Format error: not a PDF or corrupted'.