PDF dosyaları; bir nesne kataloğu, akış sözlükleri ve bayt konumlarını belirli belge nesnelerine eşleyen bir çapraz referans tablosundan (XREF) oluşan hassas bir ikili (binary) yapıya dayanır.
Bozulmanın yaygın nedenleri arasında yarıda kesilen indirmeler, dosya aktarımı sırasında ani bağlantı kopmaları, hatalı e-posta ekleri, tamamlanmamış bulut senkronizasyonları veya depolama sürücüsündeki bozuk sektörler yer alır. XREF tablosu veya %%EOF sonlandırıcısı bozulduğunda PDF okuyucular 'Dosya hasarlı ve onarılamadı' gibi hatalar verir.