Документи PDF мають чутливу внутрішню бінарну структуру, що складається з каталогу об'єктів, потокових словників і таблиці перехресних посилань (XREF), яка зіставляє точні байтові зміщення з конкретними об'єктами документа.
Найпоширенішими причинами пошкодження є перервані завантаження, раптове відключення під час передачі файлів, пошкоджені вкладення електронної пошти, незавершена хмарна синхронізація або биті сектори накопичувача. Коли зміщення таблиці XREF змінюється або обрізається, стандартні програми перегляду повідомляють: «Файл пошкоджено і не може бути відновлено» або «Помилка формату: це не PDF або файл пошкоджений».