Các file PDF dựa trên một cấu trúc nhị phân nội bộ phức tạp bao gồm danh mục đối tượng (Object Catalog), từ điển luồng (Stream Dictionaries) và bảng tham chiếu chéo (XREF) giúp ánh xạ độ lệch byte tới từng đối tượng tài liệu cụ thể. Các nguyên nhân phổ biến gây hỏng file bao gồm quá trình tải xuống bị ngắt quãng, mất kết nối đột ngột khi truyền file, lỗi đính kèm email, đồng bộ đám mây chưa hoàn tất hoặc lỗi ổ cứng.
Khi độ lệch bảng XREF bị thay đổi hoặc bị cắt cụt ở cuối file, các trình đọc PDF tiêu chuẩn sẽ báo lỗi như 'File bị hỏng và không thể sửa chữa' hoặc 'Lỗi định dạng: không phải file PDF hoặc file đã bị hỏng'.