PDF 檔案依賴一套精密的內部二進位結構,包括物件目錄(Object Catalog)、串流字典(Stream Dictionaries)以及將位元組偏移量映射至具體文件物件的交叉引用表(XREF)。常見的檔案損毀原因包括:瀏覽器下載意外中斷、LINE 或電子郵件附件傳輸未完成、雲端硬碟同步衝突、隨身碟或硬碟壞軌等。
當 XREF 表的位元組偏移量遭竄改或檔案尾部被截斷時,Adobe Acrobat 等標準 PDF 閱讀器就會彈出「檔案已損毀且無法修復」或「格式錯誤:不是 PDF 檔案或檔案已損毀」等錯誤提示。