PDF файловете разчитат на деликатна вътрешна бинарна структура, състояща се от каталог на обектите, речници на потоците и таблица с кръстосани препратки (XREF), която картографира точните байтови отмествания към конкретни обекти в документа.
Честите причини за повреда включват прекъснати изтегляния, внезапно прекъсване на връзката при трансфер на файлове, повредени прикачени файлове в имейли, непълна облачна синхронизация или лоши сектори на диска. Когато отместването на XREF таблицата е променено или отрязано, стандартните PDF четци отчитат грешки като „Файлът е повреден и не може да бъде поправен“ или „Грешка във формата: не е PDF или е повреден“.
