Τα αρχεία PDF βασίζονται σε μια ευαίσθητη εσωτερική δυαδική δομή που αποτελείται από έναν κατάλογο αντικειμένων, λεξικά ροών και έναν πίνακα διασταυρούμενων παραπομπών (XREF) που αντιστοιχίζει τις ακριβείς θέσεις byte σε συγκεκριμένα αντικείμενα του εγγράφου.
Οι συνηθισμένες αιτίες καταστροφής περιλαμβάνουν διακοπείσες λήψεις από το διαδίκτυο, απότομη αποσύνδεση κατά τη μεταφορά αρχείων, προβληματικά συνημμένα email, ατελή συγχρονισμό στο cloud ή κατεστραμμένους τομείς σε μέσα αποθήκευσης. Όταν ο πίνακας XREF αλλοιωθεί ή αποκοπεί, τα προγράμματα ανάγνωσης PDF εμφανίζουν σφάλματα όπως «Το αρχείο είναι κατεστραμμένο και δεν είναι δυνατή η επιδιόρθωσή του».
