Pliki PDF posiadają precyzyjną wewnętrzną strukturę binarną składającą się z katalogu obiektów, słowników strumieni oraz tablicy odsyłaczy (XREF), która przypisuje dokładne przesunięcia bajtowe do poszczególnych obiektów dokumentu.
Najczęstsze przyczyny uszkodzeń to przerwane pobieranie z internetu, nagłe rozłączenie podczas kopiowania plików, uszkodzone załączniki e-mail, niepełna synchronizacja z chmurą lub błędne sektory nośnika danych. Gdy przesunięcie tablicy XREF zostanie zmienione lub ucięte, czytniki PDF wyświetlają komunikat: „Plik jest uszkodzony i nie może zostać naprawiony” lub „Błąd formatu: to nie jest plik PDF lub plik jest uszkodzony”.