PDF-filer förlitar sig på en känslig intern binär struktur bestående av en objektkatalog, strömordlistor och en korsreferenstabell (XREF) som kopplar exakta byte-positioner till specifika dokumentobjekt.
Vanliga orsaker till korruption är avbrutna nedladdningar, plötsligt bruten nätverksanslutning vid filöverföring, skadade e-postbilagor, ofullständig molnsynkronisering eller skadade sektorer på hårddisken. När XREF-tabellen eller %%EOF-slutet skadas rapporterar vanliga PDF-läsare fel som 'Filen är skadad och kunde inte repareras'.