ไฟล์ PDF อาศัยโครงสร้างไบนารีภายในที่ละเอียดอ่อน ซึ่งประกอบด้วยแคตตาล็อกออบเจกต์ พจนานุกรมสตรีม และตารางอ้างอิงโยง (XREF) ที่ระบุตำแหน่งไบต์ของออบเจกต์แต่ละชิ้นในเอกสาร
สาเหตุทั่วไปของความเสียหาย ได้แก่ การดาวน์โหลดที่ถูกขัดจังหวะ การหลุดของการเชื่อมต่อขณะโอนย้ายไฟล์ ไฟล์แนบอีเมลที่เสียหาย การซิงค์ข้อมูลบนคลาวด์ไม่สมบูรณ์ หรือเซกเตอร์เสียบนฮาร์ดไดรฟ์/แฟลชไดรฟ์ เมื่อตำแหน่งตาราง XREF เพี้ยนหรือขาดหายไป โปรแกรมอ่าน PDF จะแจ้งข้อผิดพลาด เช่น 'The file is damaged and could not be repaired' หรือ 'Format error: not a PDF or corrupted'